哈维.马丁内斯出身自奥萨苏纳的青训系统，2006年夏天毕尔巴鄂竞技队以600万欧元的身价签下了这位还不满18岁的小将。2006/07赛季，马丁内斯很快凭著自己出色的表现赢得球队首发，他在2006年12月16日2-0击败拉科鲁尼亚的赛事中梅开二度。马丁内斯总共上场35次，攻入3球，他在两个赛季共为毕尔巴鄂队打进了11个联赛进球。

　　北京时间2012年8月29日晚，马丁内斯正式从毕尔巴鄂竞技转会至拜仁慕尼黑，他与拜仁签约5年，转会费为4000万欧元。马丁内斯于11月24日对汉诺威96的赛事中射入加盟拜仁后的第一球。尽管没有太多进球，但是马丁内斯在后场的作用举足轻重。他积极的拼抢、果断的前插使自己成为了海因克斯时代拜仁快攻战术的利器。马丁内斯多次用拦截和反抢使得球队迅速由守转攻，也将自己作为世界顶级后腰的实力体现的淋漓尽致。

　　2013-14赛季，瓜迪奥拉的到来使得拜仁的阵型有了调整，原本的双后腰改为单后腰，并且希望擅长拦截但并不喜欢控球的马丁内斯能去打中卫，可惜效果并不理想，最终马丁内斯依然出任后腰。虽然马丁内斯依然占据着主力位置，但经常遭受伤病困扰。

　　2014年8月14日，拜仁慕尼黑俱乐部官方宣布，在德国超级杯中受伤的马丁内斯十字韧带撕裂，飞赴美国进行手术，这直接导致马丁内斯的2014-15赛季提前报销。

　　2015年11月22日，在德甲第13轮沙尔克04主场对阵拜仁慕尼黑比赛中，马丁内斯在下半场头球破门帮助拜仁慕尼黑客场3-1战胜沙尔克04。11月29日，在德甲第14轮拜仁慕尼黑主场对阵柏林赫塔的比赛中，几乎踢遍中路前、中、后所有位置的马丁内斯当选全场最佳球员。

　　2015年12月18日，哈维·马丁内斯与拜仁慕尼黑续约至2021年。

　　2015-16赛季，马丁内斯代表拜仁在各项赛事出场27次，打入1粒进球并贡献2次助攻。2016-17赛季，马丁内斯代表拜仁在各项赛事出场37次，打入2粒进球、1次助攻。2017-18赛季，马丁内斯代表拜仁在各项赛事出场37次，打入2粒进球、2次助攻。2018-19赛季，马丁内斯代表拜仁在各项赛事出场33次，打入4粒进球。

　　2021年7月7日，马丁内斯以自由身转会加盟卡塔尔球队卡达竞技SC。
　　
　　国家队

　　年仅19岁的马丁内斯曾经获西班牙21岁征召出战在瑞典举行的2009年U21欧洲足球锦标赛，但未能晋级。

　　2010年5月20日，马丁内斯获西班牙主教练博斯克选入2010年世界杯23人名单中。5月29日，他在奥地利因斯布鲁克以3-2的比分击败沙特阿拉伯的赛事进行至81分钟时替补效力巴塞罗那的哈维而处子上场。6月3日，他在同一地点以1-0的比分击败韩国的友谊赛中首次首发上场，直至在80分钟时大卫·席尔瓦替补他为止。

　　随后他帮助西班牙国家队分别在2010年南非世界杯和2012年欧洲杯夺冠。2011年马丁内斯作为西班牙U21国家队的队长，在丹麦U21欧青赛获得冠军。

　　在2012年伦敦奥运会期间，马丁内斯担任西班牙国奥队队长。

　　2014年5月31日，西班牙国家队公布了出征巴西世界杯的23人最终名单，哈维·马丁内斯入选其中。在巴西世界杯期间，马丁内斯只在西班牙对阵智利的比赛中获得出场机会。